Chu Toàn Trung đến Biện châu sau ba tháng được bổ nhiệm.[10] Sự chậm trễ này có thể là do ông còn được giao các nhiệm vụ khác trong khoảng thời gian đó, song cũng có thể là để thương lượng xem ông được đem theo bao nhiêu người của mình đến nơi sẽ nhậm chức. Khi đầu hàng quân Đường, Chu Toàn Trung đang có một đội quân với vài nghìn binh lính, song đội quân này sau đó phần lớn bị phân tán hoặc hợp nhất vào quân triều đình, ông chỉ có thể đem theo vài trăm lính đến Biện châu, bao gồm ít nhất 80 tùy tùng quân sự. Những tùy tùng quân sự này sẽ giúp đỡ ông trong việc đưa ra các quyết định trong những năm đầu tại Biện châu. Phần lớn họ có lẽ từng cùng với Chu Toàn Trung phục vụ dưới quyền Hoàng Sào, song một số người, chẳng hạn như Bàng Sư Cổ (龐師古), thì là những người mới. Quân Tuyên Vũ là một trong các đội quân hùng mạnh trong khu vực, Chu Toàn Trung nay phải bắt đầu đảm bảo rằng đội quân này trung thành với ông. Quân Tuyên Vũ gồm hai bộ phận: nha quân bảo vệ tiết độ sứ và đại quân chiến đấu.[11]

Chu Toàn Trung bổ nhiệm một số tùy tùng quân sự của mình giữ chức trong nha quân, như Đinh Hội (丁會) giữ chức đô áp nha,[6] và Hồ Chân (胡真) giữ chức đô tướng.[12] Trưởng tử của Chu Toàn Trung là Chu Hữu Dụ cũng trở thành một sĩ quan, mặc dù khi đó chỉ là một cậu bé.[13] Sự bổ nhiệm quan trọng nhất là Chu Trân (朱珍), người này trở thành Tuyên Vũ hữu chức, chịu trách nhiệm tuyển chọn, huấn luyện và cải tổ.[14] Chu Toàn Trung giữ lại các sĩ quan thế tập trong nha quân và đại quân, song nhiệm vụ tiến hành cải tổ và chuẩn bị giao chiến với Hoàng Sào được giao cho những người mà ông tin tưởng. Chu Toàn Trung từng ấn tượng trước sức mạnh của các kị binh Sa Đà khi tái chiếm Trường An, song do quân Tuyên Vũ phần lớn là bộ binh, vì thế ông hạ lệnh thành lập các đội kị binh của riêng mình. Quyền chỉ huy đội kị binh đầu tiên được giao cho Bàng Sư Cổ, và khi các đội kị binh tiếp theo hình thành, các sĩ quan được tuyển chọn cả từ những người đi theo Chu Toàn Trung từ trước và những người mới song trung thành.[15]

Sau khi qua Lam Điền quan, Hoàng Sào tiến công Thái châu[chú 7], Phụng Quốc[chú 8] tiết độ sứ Tần Tông Quyền đào ngũ sang quân nổi dậy. Sau đó, Hoàng Sào tiếp tục tiến công Trần châu[chú 9], song thứ sử Triệu Thù (趙犨) vẫn quyết định kháng cự ngay cả khi châu thành bị bao vây. Quân của Hoàng Sào lâm vào thế bế tắc tại Trần châu, và cũng gặp phải kháng cự tại các châu khác, trước tình hình này Chu Toàn Trung cùng với các tiết độ sứ khác trong khu vực vào đầu năm 884 cùng kêu gọi Hà Đông[chú 10] tiết độ sứ Lý Khắc Dụng đến tiếp viện. Vào mùa xuân năm 884, liên quân của Chu Toàn Trung và Lý Khắc Dụng đánh bại các bộ tướng của Hoàng Sào, Hoàng Sào buộc phải từ bỏ việc bao vây Trần châu.[10] Đến mùa hè cùng năm, Hoàng Sào bị giết.[16] một số chỉ huy trong đội quân nổi dậy Hoàng Sào đầu hàng Chu Toàn Trung, do đó lực lượng của ông được tăng cường, và những người này trở thành nhóm sĩ quan trung thành thứ hai với ông trong những năm tiếp theo.[17]

Ngay sau khi Hoàng Sào bị tiêu diệt, giữa Chu Toàn Trung và Lý Khắc Dụng liền xảy ra tranh chấp, và khi Lý Khắc Dụng qua Biện châu, Chu Toàn Trung từng cố ám sát Lý Khắc Dụng vào đêm ngày 11 tháng 6 năm 884. Nỗ lực này thất bại, Lý Khắc Dụng chạy về Thái Nguyên và thượng biểu tố cáo với triều đình Đường. Chu Toàn Trung trả lời rằng không biết trước về sự việc, song giải thích rằng kế hoạch do các binh sĩ của bộ tướng Dương Ngạn Hồng (楊彥洪) sắp đặt, thông đồng với một đại diện của triều đình, và rằng Dương Ngạn Hồng đã bị hành quyết. (Trong thực tế, Dương Ngạn Hồng chết do một mũi tên đi lạc do Chu Toàn Trung bắn, khi ông định bắn chết Lý Khắc Dụng).[10] Triều đình Đường khi đó còn lại rất ít quyền lực, vì thế họ không sẵn lòng lựa chọn giữa hai quân phiệt và không truy cứu thêm nữa, gia phong Lý Khắc Dụng làm Lũng Tây quận vương.[16] Sự việc này khởi đầu xung đột 40 năm giữa hai bên, vẫn diễn ra sau khi cả Toàn Trung và Khắc Dụng qua đời.[18]